大雄寶殿是寺院的核心建筑，是寺院中的正殿，也稱為大殿，是日常僧侶們修學禮拜的場所。太平巖寺大雄寶殿位于整體寺院建筑群的最上方，仿唐式建筑風格，巍峨高聳大氣典雅，體現了大雄寶殿的莊嚴肅穆與佛門慈悲利人的胸懷氣度。

　　大雄寶殿總體建筑面積400平方，全體鋼筋混泥土式建筑。大殿依山而建，周邊危石聳立林木蔥郁，古木雄偉蒼翠，林中鳥語悅耳靈動，為大殿的肅穆氣氛增添一份生動活潑之感。大殿原址是一片怪石嶙峋蔓草叢生的荒地，經過2年的建設與努力，這里一改往昔荒蕪衰敗的情景，今夕儼然已是一片堂皇巍然的佛國凈土。殿堂高聳、寶像莊嚴、梵音嘹亮響徹山林寂靜，清香彌漫洗滌世間染污。

　　大殿內中間供奉著三世佛（釋迦摩尼佛、藥師佛、彌陀佛）和阿難、迦葉尊者。佛像為木雕樣式，豐腴圓潤、莊嚴慈悲。三尊佛像皆結跏端坐于束腰雙層蓮花座上，頭飾螺發，頂現高肉髻，大耳垂肩，面相方圓；兩手分別結顯示各自不同的手印。中間為娑婆教主本師釋迦摩尼佛，左手托缽右手結說法印，托缽表示以乞食為生游化世間、說法印象征佛陀圓滿的大智慧和立誓育人度眾生的大慈悲。釋迦摩尼佛為古印度北部迦毗羅衛國（今尼泊爾境內）王子，釋迦牟尼在二十九歲時，有感于人世生、老、病、死等諸多苦惱，舍棄王族生活，出家求道，歷經六年修行，三十五歲時在菩提樹下證道，隨即在鹿野苑為五比丘初轉法輪，此后佛陀偕同五比丘游行于五印度廣為眾生弘法布道，宣揚教法直至八十歲在拘尸那迦城涅槃。佛陀左脅侍是迦葉尊者，恭立于佛陀左側，雙手緊握抱拳面容慈祥，迦葉尊者是佛陀十大弟子之首，被譽為“苦行第一”，在佛陀去世后領導僧團繼續佛陀的教化。右脅侍是阿難尊者，恭立于佛陀右側，雙手合掌面容俊秀，為佛陀“十大弟子”之一，被譽為“多聞第一”，阿難尊者曾為佛陀的侍者二十余年，聞佛說法最多，故后來由他誦出出佛陀所說的教誨，結集為經藏。

　　右邊是西方極樂世界教主阿彌陀佛，左手持蓮花右手結與愿印，蓮花喻寓西方極樂世界、與愿印表示能給與眾生愿望滿足，使眾生所祈求之愿都能實現之意，此印相現慈悲濟世之意。阿彌陀佛又名無量壽、無量光等，與大悲觀世音菩薩、大勇大勢至菩薩合稱為“西方三圣”。阿彌陀佛昔日為法藏比丘時于世自在王佛前攝取二百一十億諸佛妙土的清凈行，發四十八大愿，法藏比丘發此愿已，一向專志莊嚴凈土�！斗鹫f阿彌陀經》：“從是西方，過十萬億佛土，有世界名曰極樂，其土有佛，號阿彌陀，今現在說法”。阿彌陀佛以無盡愿力誓渡一切眾生，不舍悲愿，以無量光明照獨行者，業障重罪皆可消減，凡持其名號者，生前獲佛護佑，消除一切災禍業苦；死后更可化生其極樂凈土，得享一切安樂。

　　左邊是東方凈琉璃世界藥師佛，又名藥師如來、藥師琉璃光王如來、大醫王佛、醫王善逝、十二愿王。能除生死之病，故名藥師；能照三有之暗，故云琉璃光；彼世界以琉璃為地故名凈琉璃世界。與日光遍照菩薩、月光遍照菩薩共尊為“東方三圣”。藥師佛面相慈善，儀態莊嚴，身呈藍色，烏發肉髻，雙耳垂肩，身穿佛衣，右手捧寶塔象徵眾生所愿,悉皆成就,不受欲苦，左手持與愿印，雙足跏趺于蓮花寶座中央。藥師佛于過去世行菩薩道時，曾發十二大愿，愿為眾生解除疾苦，使具足諸根，導入解脫，故依此愿而成佛，住凈琉璃世界，其國土莊嚴如極樂國。

　　大殿頂部懸掛一盞水晶吊燈，四邊附設四盞小燈，燈火輝煌寄寓光明遍照十方大千世界凈除一切黑暗。大殿內的四周墻壁是萬佛閣，供奉著一萬尊小佛像表十方三世一切諸佛，萬佛閣中的佛像可讓在家護法信眾記名供奉。大殿屋檐四角掛有風鈴，微風吹過靈音響動以覺眾生迷茫。